マイクロソフト サポート技術情報 - 100525：システム パーティションとブート パーティションの定義

システム パーティションとは、Windows NT の起動に必要な、ハードウェア固有のファイル (NTLDR、BOOT.INI など) が保存されているディスクのボリュームのことを指します。(以下中略)
ブート パーティションは、Windows NT オペレーティング システムのファイル (通常は \WINNT) とサポート ファイル (通常は \WINNT\SYSTEM32) が含まれるパーティションです。(以下略)

通常は、NTLDR、BOOT.INIと\WINNT、\WINNT\SYSTEM32とが同一パーティションになることがほとんどなので混同して使われていたということですね。